中科院软件研究所位于北京海淀区中关村南四街4号中国科学院软件园内，是一所致力于计算机科学理论和软件高新技术的研究与发展的综合性基地型研究所，现拥有无锡、重庆、哈尔滨、广州、青岛、南京、贵阳七处研究所分部研发基地，已形成了以多个国家重点实验室、国家工程研究中心为龙头的基础前沿研究、软件高技术研究和软件应用研究三大科研体系，建立了计算机科学、计算机软件、计算机应用技术等重点学科领域和相关学科方向的学科布局。
中科院软件研究所设有软件基础研究部、软件高技术研究部、软件应用研究部和软件发展研究部等四个研究部以及总体部，集中了一批学术造诣深厚、享誉国内外的科学家，拥有一支高素质、高水平的青年科技人才队伍；现有计算机科学与技术、软件工程两个一级学科硕士、博士研究生培养点，计算机技术、软件工程两个全日制专业学位硕士研究生培养点；并设有计算机科学与技术、软件工程两个博士后科研工作流动站。

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城市环境研究所是直属于中国科学院的目前国际唯一的专门从事城市环境综合研究的国立研究机构，也是国家技术部“国际科技合作基地”、“国家级对台科技合作与交流基地”，拥有“中科院城市环境与健康重点实验室”、“厦门水环境安全与水质保障工程技术研究中心”、“中科院厦门生物产业技术研究开发公共服务平台”、国际科联“城市健康计划国际项目办公室”；拥有“环境科学与工程”、“生态学”专业一级学科博士、硕士学位授予点，以及“环境科学与工程”博士后科研流动站。
城市环境研究所坚持知识创新、技术创新与区域创新相结合，面向国际城市环境科学技术的发展前沿，面向国家城市化进程中可持续发展的重大战略需求，在城市生态环境与健康、城市环境污染控制技术、城市环境工程与循环经济、城市生态环境规划与环境管理等领域，开展理论研究、技术研发、系统集成和工程示范，努力发展成为国际知名的城市环境研究机构。

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中科院高能物理研究所是我国从事高能物理研究、先进加速器物理与技术研究及开发利用、先进射线技术与应用的综合性研究基地，也是中国高能物理学会、粒子加速器学会、核电子学与探测技术学会、同步辐射专业委员会、引力与相对论专业委员会、毒理学会纳米毒理学专业委员会的挂靠单位，开创并推动了中国的粒子物理实验、粒子天体物理实验、粒子加速器物理与技术、同步辐射技术及应用等学科领域的研究和发展，培养了一批优秀科学家，取得了一批高水平研究成果，研发了许多高技术产品，为国家科技事业发展作出了重要贡献。
中科院高能物理研究所建有北京正负电子对撞机国家实验室、核探测与核电子学国家重点实验室，以及粒子天体物理重点实验室、纳米生物效应与安全重点实验室2个中国科学院重点实验室和北京市射线成像技术与装备工程中心。高能所下设实验物理中心、粒子天体物理中心、理论物理室、计算中心、加速器中心、多学科研究中心、核技术应用研究中心等7个研究单位，并在广东东莞设有分部。

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中科院物理研究所是以物理学基础研究与应用基础研究为主的多学科、综合性研究机构，也是北京凝聚态物理国家实验室的依托单位，以及中关村物质科学大型仪器区域中心筹建的牵头单位和北京纳米科学大型仪器区域中心的成员单位，以“面向国家战略需求，面向世界科技前沿”的战略定位，以“建成国际一流物质科学研究基地”为目标，研究方向以凝聚态物理为主，包括凝聚态物理、光学物理、原子分子物理、等离子体物理、软物质物理、凝聚态理论和计算物理等。
中科院物理研究所现有超导、磁学、表面物理3个国家重点实验室，光学物理、先进材料与结构分析、纳米物理与器件、极端条件物理、软物质物理、清洁能源前沿研究、凝聚态理论与计算7个院重点实验室，固态量子信息与计算、微加工实验室2个所级实验室，它们与国际量子结构中心、量子模拟科学中心、北京散裂中子源靶站谱仪工程中心、清洁能源中心、超导技术应用中心、功能晶体研究与应用中心等6个研究中心共同构成物理所的研究体系。

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动物研究所是中国科学院直属的以动物科学基础研究为主的社会公益型国家级科研机构，主要围绕农业、生态、环境和人类健康及其人与自然协调并存等方面的国家重大需求和重要科学问题，结合动物科学最新发展方向，通过加强传统优势学科和新型学科和技术的交叉融合，以野生动物和模式动物为研究对象，在细胞编程与重编程的机制、干细胞生物学、生殖与发育调控、生物灾害爆发机制与控制、物种濒危机制与保护和物种形成与多样性维持机制等领域开展基础性、前瞻性和战略性研究。
动物研究所服务于“生态高值农业和生物产业”、“普惠健康保障”和“生态与环境保育发展”的战略需求，在科学普及教育和科学研究领域发挥重要作用，在普及科学知识、传播先进文化、弘扬科学精神和倡导科学思维等方面，成为我国现代科学文明与创新文化的重要源泉和基地。

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成都生物研究所是以一级学科建所的中国科学院直属科研事业单位，也是中国科学院知识创新工程首批试点单位之一，以及国家天然药物工程技术研究中心、中国科学院山地生态恢复与生物资源利用重点实验室、生态保育与生物多样性保护四川重点实验室、中国科学院环境与应用微生物重点实验室、环境微生物四川省重点实验室、中国科学院四川转化医学研究医院的依托单位。
成都生物研究所设有天然产物研究中心、生态研究中心、两栖爬行动物研究室、应用与环境微生物研究中心、农业生物技术研究中心等5个研究机构，致力于生物多样性保护与生物资源可持续利用研究，为长江上游地区生态环境建设与生物多样性保护以及战略新兴生物产业的形成与升级提供科学基础、技术支撑与决策依据。

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植物研究所是隶属于中国科学院的我国植物基础科学的综合研究机构，也是中国植物学会、北京生态学会、中国植物学会植物园分会、中国花卉协会蕨类植物分会和Journal of Plant Physiology 中国编辑部的挂靠单位，主要围绕与植物学发展密切相关的国家战略需求，重点培育植物系统进化、生态环境、分子生理与发育、光合作用以及资源植物可持续利用5 个重点学科领域，力争在战略植物资源的研究和产业化示范、全球变化下的生物多样性与生态系统碳汇功能、光合作用与光能转化机理3个方面实现重大突破，引领和推动我国整合植物学的发展。
植物研究所现有7个研究和支撑部门、1个公共技术服务中心、10个野外台站、1个亚洲最大的植物标本馆和中国生态系统研究网络（CERN）生物分中心。研究和支撑部门包括系统与进化植物学国家重点实验室和植被与环境变化国家重点实验室2个国家重点实验室，中科院植物分子生理学重点实验室、中科院光生物学重点实验室、中科院北方资源植物重点实验室3个中国科学院重点实验室，以及北京植物园和文献与信息管理中心。

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中科院心理研究所是引领我国心理科学发展并有重要影响力的国际著名研究机构，也是服务于国家科技创新与城镇化发展的心理学科技智库，以及中国科学院心理健康重点实验室的依托单位，以“探索人类心智本质，揭示心理和行为的生物学基础与环境影响机制，为促进国民心理健康和推动社会和谐发展提供重要知识基础和科技支撑”为目标，建有中国科学院行为科学重点实验室，设有健康与遗传心理学、认知与发展心理学以及社会与工程心理学三个研究室。
中科院心理研究所是国务院学位委员会批准的首批博士、硕士学位授予单位，也是心理学一级学科博士和硕士学位授予单位。现有基础心理学、发展与教育心理学、应用心理学、健康心理学和认知神经科学5个博士和硕士培养点，并设有个心理学博士后流动站。
心理所现已建立了心理与行为基础数据库和心理与行为研究实验平台、心理学科研与服务信息化平台等“一库两平台”的科技支撑体系；心理所图书馆为全国馆藏最为丰富的心理学专业图书馆，藏书5万余册，可利用的心理学相关数据库超过50种；出版有我国第一本英文心理学期刊《PsyCh Journal》，及两本中文心理学期刊《心理学报》和《心理科学进展》等三本心理学学术期刊。

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广州地球化学研究所是经国家编制委员会批准，由中国科学院地球化学研究所整建制搬迁部分学科、研究室和学术带头人与原中国科学院广州地质新技术研究所合并成立的中国科学院地球化学研究所广州分部，也是社会公益类研究机构，主要研究领域包括大陆动力学与岩石圈演化、深部地质过程与地球系统变化、成矿规律与油气成藏动力学、海洋地质与边缘海演化、环境污染与控制、环境管理与可持续发展和环保技术与工程等。
广州地球化学研究所坚持面向世界科学前沿，面向国家战略需求，面向国民经济主战场，致力于推动有机地球化学、元素和同位素地球化学、环境科学、油气与矿产资源等重点学科的发展，在“资源与固体地球科学”和“环境科学与工程”两大领域开展基础性、战略性、前瞻性研究，解决国家和地方经济社会可持续发展所面临的资源和环境等重大科技问题，将广州地化所建设成为国内一流、国际知名的我国南方地球科学和环境科学研究中心。

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地球化学研究所的主体由中国科学院地质研究所从北京搬迁而来，在国内率先建立了矿床地球化学、环境地球化学、天体化学、高温高压实验地球化学、同位素地球化学、流体包裹体地球化学等地球化学学科体系；是我国首批具有博士、硕士学位授权单位、首批博士后流动站建站单位和全国一级学会—中国矿物岩石地球化学学会挂靠单位；作为主持单位取得了包括获国家自然科学一等奖在内的一系列重要学术成果；在研究所工作的11位科学家先后入选中国科学院院士。
地球化学研究所的战略定位是围绕国家战略需求和国际地球科学前沿，以地球和行星演化、地球各圈层物质循环的地球化学过程及其资源环境效应为主线，开展基础性、战略性和前瞻性研究，完善和创新地球化学理论和应用体系，提升解决我国固体矿产资源开发与生态环境治理等问题的科技支撑能力，为地球化学学科发展和国民经济建设作出重要贡献，成为我国地球和行星演化、固体矿产资源与喀斯特生态环境研究的重要基地及地球化学优秀人才的培养摇篮。

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